Если перевозчик докажет отсутствие своей вины в задержке грузов по причине технической неисправности вагонов, то это будет являться основанием освобождения перевозчика от возмещения штрафных санкций за просрочку доставки груза.
Самого факта технической неисправности вагона для освобождения перевозчика от ответственности недостаточно, поскольку техническая неисправность должна возникать по независящим от перевозчика обстоятельствам. 

Если указанные лица не являются участниками перевозочного процесса, а именно не являются грузоотправителем или грузополучателем вагонов, по которым намерены выставить требования о взыскании пени за нарушение сроков доставки груженных и порожних вагонов, то "не вправе" выставлять такие требования. 

Если срок доставки груза был увеличен, то ответственность перевозчика наступает по истечении указанного в накладной срока, дополнительно увеличенного на соответствующее количество суток.
Об иных сроках доставки грузов, порожних вагонов в графе "Особые заявления и отметки отправителя" жд накладной ставится отметка "Договорной срок доставки. Договор от __________ дата _______".

Взыскать убытки за нарушение перевозчиком сроков доставки грузов и порожних вагонов нельзя, поскольку ответственность перевозчика за нарушение сроков доставки груза и порожних вагонов ограничена размером законной неустойки определяемой ст. 97 ФЗ "УЖТ РФ".
Ограничение ответственности регулируется п. 1 ст. 400 Гражданского кодекса РФ, согласно которой по отдельным видам обязательств и по обязательствам, связанным с определенным родом деятельности, законом может быть ограничено право на полное возмещение убытков (ограниченная ответственность).
Если даже ваши грузы и вагоны находится в составе "брошенных поездов" взыскать с перевозчика можно только пени в размере 6% от провозной платы за каждый день просрочки доставки груженного или порожнего вагона, но не более 50% провозной платы от такой перевозки.

НДС при расчете пеней за просрочку доставки грузов железнодорожным транспортом НЕ ВКЛЮЧАЕТСЯ, поскольку на неустойку НДС не начисляется.
Суммы пени за просрочку доставки грузов, как ответственности за просрочку исполнения обязательств, полученные от перевозчика, не связаны с оплатой товара, в связи с чем НДС не включается при расчете неустойки за просрочку доставки грузов.