Если к примеру, вы оплатили 1/2 часть счета на оплату за предоставление вагонов, а в оставшейся части не оплатили, то указанные действия могут быть признаны, как отказ от вагонов по ст. 310 Гражданского кодекса РФ. То есть, в вашем договоре установлена обязанность по оплате, а вы ее не исполнили в полном объеме, а значит частично своими действиями отказались от вагонов.
Для избежания ответственности за отказ от вагонов необходимо:
- стараться указывать в заявке номера вагонов и требовать ее подписания у собственника - оператора (экспедитора);
- включить условия в договор, о том, что в случае отсутствия в дислокации заявленных вагонов, заказчик вправе не производить предварительную оплату в части отсутствующих вагонов;
- найти заявки на тех. рейс, действительно ли они направлялись вами;
- стараться работать без заявок, это позволит ссылаться на отсутствие вами отдельного согласования;
- не признавать направленные вам акты об оказанных услуг или УПД; 
- поднять дислокацию вагонов, которая вам направлялась;
- направлялась ли данная дислокация в ваш адрес (в случае её отсутствия ссылаться на отсутствие дислокации, что послужило частичной неоплатой);
- подтвердить факт получения дислокации электронными сообщения (ст. 165,1 ГК РФ);
- поднять всю электронную переписку об исполнении подачи вагонов по заявке;
- проверить факт выставления счета (в случае его отсутствия оспорить);
- и т.д.

Отказ от вагонов между оператором и заказчиком регулируется как правило по соответствующим договорам предоставления вагонов (ТЭО, оказание услуг, поставки и т.д.). 
В случае отсутствия условий в договоре об ответственности за отказ от вагонов, вы можете заявить требования о взыскании убытков по ст. 15 ГК РФ.
Так же если вы являетесь Экспедитором, то вы вправе перевыставить требования на Вашего Заказчика.
В случае если вы являетесь собственником (арендатором), то следуя логике признания прав оператора подвижного состава верховным судом, можно попробовать требовать взыскания штрафа по ст. 94 ФЗ "Устав железнодорожного транспорта РФ".

В результате реформы, произошедшей после принятия Устава железнодорожного транспорта, перевозчик перестал быть единственным владельцем вагонов. Верховным судом дано разъяснение, что права оператора подвижного состава не должны отличаться от прав перевозчика (публичного акционерного общества "Российские железные дороги"). Таким образом действие ФЗ "Устава железнодорожного транспорта РФ" распространяется не только на перевозчиков, но и на операторов подвижного состава. 
Ответственность за отказ от вагонов установлено в ст. 94 Устава жд транспорта.
Аналогичной судебной практики по таким основаниям пока нет, но как один из вариантов требований, можно рассматривать.

Оспорить требования за отказ от вагонов на практике достаточно сложно, однако возможно.

1. Для оспаривания изучите Ваш договор на предоставление вагонов с оператором подвижного состава.
2. Проверьте была ли направлена заявка оператору о предоставлении вагонов (если нет, то вы можете свободно заявлять, что вы не заказывали поданные (подаваемые) вагоны.
3. Уточните у менеджеров какая переписка велась с оператором (постарайтесь доказать, что вы не заказывали вагоны);
4. Ссылайтесь на то, что Оператор не уведомил о прибытии вагонов, хотя должен был присылать ежедневную дислокацию;
5. Составьте акт общей формы с указанием на не пригодность вагонов;
6. и т.д.

НАПРАВЬТЕ УВЕДОМЛЕНИЕ ОПЕРАТОРУ (ЭКСПЕДИТОРУ) ОБ ОТКАЗЕ ОТ ВАГОНОВ С УКАЗАНИЕМ ПРИЧИН ОТКАЗА. ПРИЧИНЫ ДЛЯ ОТКАЗА ОТ ВАГОНОВ ПОСТАРАЙТЕСЬ НАЙТИ. ВОТ НЕКОТОРЫЕ ИЗ НИХ.
ПРИЧИНЫ:

• вагоны поданы несвоевременно;
• вагоны поданы в нарушении графика погрузки;
• в результате неравномерной подачи вагонов сбился план погрузки согласованный ржд;
• не раскредитовывайте документы на прием подвижного состава;
• вагоны поданы без согласованной заявки на предоставление вагонов;
• вагоны не соответствуют заявленным;
• поданы неочищенные вагоны;
• поданы технически неисправные и коммерчески непригодные вагоны;
• отсутствуют крепления на вагон;
• вагоны поданы с открытыми люками, дверьми, неснятыми приспособлениями для крепления грузов;
• имеется ограничение или прекращена погрузка и перевозка грузов по согласованным направлениям 
• и т.д.

ОПРЕДЕЛЕННОГО ПЕРЕЧНЯ ПОДТВЕРЖДЕНИЯ ОТКАЗА ГРУЗОПОЛУЧАТЕЛЯ ОТ ВАГОНОВ КОНЕЧНО ЖЕ НЕТ, НО ЕСЛИ ВАГОНЫ БЫЛИ ПОДАНЫ, ТО ЭТО МОГУТ БЫТЬ СЛЕДУЮЩИЕ ДОКУМЕНТЫ:

• заявки на предоставление вагонов согласованные Оператором и Грузополучателем;
• транспортные железнодорожные накладные;
• ведомости подачи и уборки вагонов;
• памятки приемосдатчика;
• журнал учета времени совершения операций захода/выхода жд локомотива на/из пути необщего пользования;
• данные ГВЦ ОАО "РЖД" или иных информационных ресурсов;
• дислокация вагонов;
• ваша переписка;
• и т.д.

Если прибыл неочищенный вагон на станцию погрузки или подан неочищенный вагон на погрузку, то зафиксируйте данный факт "Актом общей формы ГУ-23, в противном случае будет считаться, что вы приняли вагон в надлежащем состоянии и доказать подачу неочищенного вагона оператором будет крайне сложно.
Дополнительно укажите, что вагоны неочищены от ранее перевозимого груза и направьте уведомление на электронную почту оператору подвижного состава.