Для признания договора предоставления вагонов договором перевозки или договором ТЭО необходимо представить ряд доказательств, которые свидетельствуют о том, что это не договор пользования вагонами.
Такими доказательствами могут быть, дополнительные услуги, экспедиторские документы и иные документы.

На первый взгляд, взыскать задолженность не получится. Однако, если у вас есть электронные сообщения об отправке Договора на предоставление вагонов, заявок на тех. рейс, УПД, то действия Ваших оппонентов можно признать акцептом договора и "конклюдентными действиями". Поэтому, старайтесь не удалять переписку по заключению договоров.

Для одностороннего отказа от договора предоставления вагонов, Заказчику таких вагонов необходимо совершить юридически значимые действия.
К примеру, такими действиями может быть: 
- зачет встречных однородных требований по ст. 410 Гражданского кодекса РФ;
- удержание денежных средств по ст. 359 Гражданского кодекса РФ с последующим обращением взыскания на заложенное имущество в порядке ст. 349 Гражданского кодекса РФ;
- отказ в частичной оплате за такие вагоны и приостановить пользоваться услугами предоставления вагонов по основаниям п. 2 ст. 328 Гражданского кодекса РФ и по основаниям п. 3 ст. 405 Гражданского кодекса.

Да, задолженность за оказание услуг по предоставлению вагонов взыскивается с НДС если у Вас отсутствует возможность реализации права на налоговый вычет. Соответственно, в случае наличии Вашего права на вычет сумм НДС (к примеру, предоставление вагонов в международных перевозках) исключает предъявление сумм НДС за предоставление вагонов.

По договору оказания услуг предоставления жд подвижного состава применяется общий срок исковой давности в 3 (три) года.

Примерный перечень прилагаемых документов к иску о взыскании долга за пользование вагонами в тех. рейсе:
- Договор на оказание услуг предоставления железнодорожного подвижного состава;
- Приложения к договору на оказание услуг предоставления подвижного состава;
- Заявки на тех. рейс направленные по данному Договору;
- Электронная переписка по данному договору;
- Инструкции Оператора по оформлению жд перевозочных документов из-под выгрузки;
- Счета на оплату услуг предоставления жд подвижного состава;
- Акты об оказанных услугах или Универсальные передаточные документы;
- железнодорожные транспортные накладные на подсыл вагонов под подгрузку;
- данные ГВЦ ОАО "РЖД" (ЦФТО или ТЦФТО) о движении вагонов (дислокация);
- также если вы брали вагоны в тех. рейс и не являетесь их собственником, то могут понадобиться подтверждающие первичные документы с собственником или арендатором вагонов;
- акты об оказанных услугах с ОАО "РЖД" подтверждающие оплату жд тарифа за подсыл вагонов на станцию выгрузки;
- если имеются, то было замечательным предоставить квитанцию о приеме груженного вагона к перевозке, железнодорожную транспортную накладную по форме ГУ-27, или жд накладную - дорожную ведомость по форме ГУ-29;
- в зависимости от ситуации также могут быть подтверждающими документами оказания услуг предоставления вагонов: акты общей формы по форме ГУ-23, коммерческий акт ф. ГУ-22, памятки приемосдатчика ф. ГУ-45, ведомости подачи и уборки вагонов ф. ГУ-46.

Такой отказ от оплаты услуг предоставления вагонов не правомерен, поскольку Заявки не являются существенным условием договора возмездного оказания услуг предоставления железнодорожного подвижного состава.

Да, является. Если Оператором были поданы под погрузку технически неисправные или коммерчески непригодные вагоны, незамедлительно уведомите Оператора об этом (о таким вагонах). Чем подробнее вы распишете о неисправностях, тем лучше будет доказывать в суде отказ от оплаты услуг Оператора. Все уведомления направляйте на адреса электронной почты, указанной в Договоре предоставления жд вагонов.